Visi :

_Menjadi lembaga pendidikan pesantren yang unggul dalam mengintegrasikan pendidikan agama dan pendidikan umum, mencetak generasi santri yang berakhlak mulia, berilmu luas, serta mampu bersaing di dunia global dengan tetap menjaga nilai-nilai ajaran Islam._

Misi:

1. Menyelenggarakan pendidikan kesetaraan yang berkualitas, dengan kurikulum yang memadukan ilmu agama dan ilmu umum untuk mencetak santri yang cerdas secara spiritual dan intelektual.

2. Membangun karakter santri yang berakhlakul karimah, melalui penguatan nilai-nilai keislaman yang berlandaskan pada Al-Qur'an dan Sunnah, serta pengamalan nilai-nilai pesantren salafiyah.

3. Memberikan kesempatan kepada santri untuk memperoleh ijazah yang setara dengan pendidikan umum tanpa harus meninggalkan pendidikan agama di pondok pesantren.

4. Mengembangkan keterampilan hidup (life skills) santri agar mampu beradaptasi dengan perubahan zaman dan siap menghadapi tantangan dunia kerja maupun dunia akademis.

5. Mewujudkan pesantren sebagai pusat pendidikan dan dakwah yang mampu berkontribusi dalam pembinaan umat dan masyarakat luas.

6. Meningkatkan kompetensi para pendidik dan tenaga kependidikan melalui pelatihan dan pembinaan secara berkelanjutan untuk mendukung proses belajar mengajar yang efektif.

Visi dan misi ini mencerminkan komitmen Pondok Pesantren Wadi Muqoddas dalam mengembangkan pendidikan yang seimbang antara ilmu agama dan ilmu umum, sehingga para santri tidak hanya menjadi pribadi yang taat dalam beragama, tetapi juga berdaya saing di dunia modern.